根据规定，秋季高考报名不影响报考者参加高职专科层次依法自主招生考试。“中专、职校、技校”符合报名条件的2009年应届“中专、职校、技校”毕业生可报名参加6月份秋季高考，也可报名参加5月份的“三校生”高考，两者只能二选一，不能兼报。符合报名条件的往届“中专、职校、技校”考生只能参加6月份秋季高考，不能参加5月份应届“三校生”高考。
本次报名采用网上报名并到现场办理报名信息确认的方式。凡符合2009年上海市普通高校招生条件的考生，从2008年11月29日起至12月4日止，每天9:00至18:00进行网上报名(本市应届高中毕业生先前提交的预报名信息有效，除提交的预报名信息中调用学籍卡上的信息不得修改外，其他预报名信息可在网上进行修改)，报名网址为市教育考试院网站(www.shmeea.com.cn)。
2008年12月11日至13日，网上报名成功的考生到网上报名确定的区县高招办所设置的报名点，办理确认手续。本市应届高中毕业生的报名信息确认工作从12月9日起由考生学籍所在地的区县高招办向所在中学统一布置进行。非本市应届高中毕业的考生(参加过2008年秋季高考的考生除外)应在规定时间内先到区县高招办所设置的报名点办理网上报名信息确认手续，再于12月11日至17日的9:00至16:00到上海市健生公司(黄浦区瞿溪路350号底楼大厅)拍摄数码照片。
2008年12月20日和21日，报考艺术类专业全市统考的考生还应到本人在网上确定的专业考试试区办理参加专业统一考试信息确认手续。2009年3月7日，报考体育教育、社会体育、休闲体育专业考试的考生到上海体育学院办理参加专业统一考试信息确认手续。