| 序号 | 一级学科名称 | 二级学科名称 | 学院名称 |
| 1 | 力学※ | 一般力学与力学基础 | 船舶海洋与建筑工程学院 |
| 2 | 固体力学 | ||
| 3 | 流体力学 | ||
| 4 | 工程力学 | ||
| 5 | 船舶与海洋工程※ | 船舶与海洋结构物设计制造 | |
| 6 | 轮机工程 | ||
| 7 | 水声工程 | ||
| 8 | 机械工程※ | 机械制造及其自动化 | 机械与动力 工程学院 |
| 9 | 机械电子工程 | ||
| 10 | 机械设计及理论 | ||
| 11 | 车辆工程 | ||
| 12 | 动力工程及工程热物理※ | 工程热物理 | |
| 13 | 热能工程 | ||
| 14 | 动力机械及工程 | ||
| 15 | 流体机械及工程 | ||
| 16 | 制冷及低温工程 | ||
| 17 | 化工过程机械 | ||
18 |
材料科学与工程※ | 材料物理与化学 | 材料科学与 工程学院 |
| 19 | 材料学 | ||
| 20 | 材料加工工程 | ||
| 21 | 控制科学与工程※ | 控制理论与控制工程 | 电子信息与、电气工程学院 |
| 22 | 检测技术与自动化装置 | ||
| 23 | 系统工程 | ||
| 24 | 模式识别与智能系统 | ||
| 25 | 导航、制导与控制 | ||
| 26 | 计算机科学与技术※ | 计算机系统结构 | |
| 27 | 计算机软件与理论 | ||
| 28 | 计算机应用技术 | ||
| 29 | 电子科学与技术 | 电磁场与微波技术 | |
| 30 | 信息与通信工程 | 通信与信息系统 | |
| 31 | 生物医学工程※ | / | 生命科学技术 学院 |
| 32 | 生物学 | 生物化学与分子生物学 | |
| 33 | 管理科学与工程※ | / | 安泰经济与 管理学院 |
| 34 | 物理学 | 凝聚态物理 | 理学院物理系 |
| 35 | 光学 | ||
| 36 | 生物学 | 遗传学 | 医学院 |
| 37 | 基础医学 | 病理学与病理生理学 | |
| 38 | 临床医学 | 儿科学 | |
| 39 | 外科学（整形、骨外） | ||
| 40 | 内科学（心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、传染病、肾病、风湿病）） | ||
| 41 | 口腔医学 | 口腔临床医学 |
学校还拥有1个国家实验室(筹)，6个国家重点实验室，1个国防重点实验室，13个部门重点实验室，21个上海市重点实验室；4个国家工程研究中心，3个教育部工程研究中心，1个上海市工程技术中心，2个国家“863”高技术网点开放实验室。现有专任教师3000余名，其中中国科学院院士14人和工程院院士18人，主要分布在材料、物理、化学化工、生物科学、生物工程、机械、动力、力学、船舶、电气、电子、信息等学科；“长江学者”特聘教授和讲座教授84名，主要分布在机械、动力、船舶与海洋工程、生物科学、植物科学、材料、物理、光学物理、电子、信息、控制、化学化工、核能等学科；国家杰出青年基金获得者64名，主要分布在生物科学、生物工程、数学、电子、信息、计算机、材料、化学化工、物理、光学物理、机械、动力、管理科学与工程、船舶与海洋工程等学科；国家重点基础研究发展规划(“973”计划)首席科学家25人次，主要分布在材料、生物科学、生物工程、机械、核能、药学等学科。
学校现有在校全日制研究生约12200人，其中博士生约4000人；拥有一流校园环境，雄厚的师资队伍，先进的实验设施；设立各类奖学金和实行“三助”(助教、助研、助管)资助制度；校园浓厚的学术氛围，开放型国际化合作办学理念，以及地处上海改革开放前沿优势地域的良好就业前景等，都为我校研究生的培养和全面成长，创造了极其优越的条件。-->